کارت بازرگانی به خودی خود مالیات ندارد و مالیات مربوط به نوع فعالیت از طریق کارت بازرگانی می باشد (صادرات و واردات) بنابراین چنانچه واردات و صادرات و خدمات انجام شده با کارت بازرگانی در دفاتر شرکت ثبت گردد مالیات آن از طریق رسیدگی به دفاتر شرکت تشخیص می شود، و در صورت رد دفاتر مالیات شرکت از طریق علی الرأس تشخیص می گردد، ضمناً صادرات از مالیات معاف می باشد.