هزینه های توسط سازمان بنادر و دریانوردی محاسبه می گردد که عنداللزوم و با توجه به این که شرکت های زیادی در آن جا فعال هستند باید از سازمان بنادر و دریانوردی استعلام شود. اما از لحاظ رویه هایی چون بندر شهید رجایی که منطقه ویژه است وقتی به بنادر آزاد انتقال داده شود، از نظر گمرک ترانزیت خارجی (یعنی رویه گمرکی ترانزیت خارجی) تلقی می گردد.