با سلام و احترام،

۱. مطابق بخشنامه ذیل که برای شما ارسال گردید، نحوه استرداد مالیات اضافه پرداختی شرح داده شده است. البته این واقعیت در نظام مالیاتی ما وجود دارد که استرداد مالیات اضافه پرداختی زمان بر و پیچیده می باشد.
http://www.intamedia.ir/Pages/Action/LawsDocShow/1/5/1/219/83

۲. در تکمیل پاسخ پرسش شما، نظر شما را به ماده ۲۴۲ قانون مالیات های مستقیم نیز جلب می نماید:
ماده 242- اداره امور مالیاتی موظف است در هر مورد که به علت اشتباه در محاسبه، مالیات اضافی دریافت شده است و همچنین در مواردی که‌ مالیاتی طبق مقررات این قانون قابل استرداد می‌باشد، وجه قابل استرداد را از محل وصولی جاری ظرف یک ماه به مودی پرداخت کند.
تبصره - مبالغ اضافه دریافتی از مودیان بابت مالیات موضوع این قانون به هر عنوان مشمول خسارتی به نرخ یک و نیم درصد (5/1%) در ماه از تاریخ‌ دریافت تا زمان استرداد می‌باشد و از محل وصولی‌های جاری به مودی پرداخت خواهد شد. حکم این تبصره نسبت به مالیات‌های تکلیفی و علی‌الحساب‌های پرداختی در صورتی که اضافه بر مالیات متعلق باشد در صورتی که ظرف سه ماه از تاریخ درخواست مودی مسترد نشود از تاریخ انقضای مدت مزبور جاری خواهد بود.